نصر الله محمد بهادر سلطان با شنيدن خبر ارادهء آمدن به بخاراى شريف كرد . در همين وقت مير محمد حسين خان - پسر كلان امير حيدر سلطان - در شهر بخارا در گذر بازار خواجه تحت نظر بود ، اطرافيان را جمع كرد و به طرف ارگ بخارا روى آورد . نگهبانان ارگ دروازه را گشودند و او را راه دادند . او هم وارد ارگ شد و بر تخت سلطنت برآمد . جنازهء امير حيدر سلطان را به خاك سپردند و به عزادارى قيام و اقدام نمودند . سن او در اين تاريخ چهل و هفت سال و بيست و هفت سال بر اريكهء سلطنت مستقر بود . امير سيد مير نصر الله بهادر سلطان كه خبر فوت پدر را شنيده بود ، از چول قرشى گذشته به طرف بخارا آمد ، ولى شنيد مير محمد حسين خان در بخارا بر تخت سلطنت نشست . از همان‌جا برگشت و رو به قرشى آورد . مير محمد حسين خان چهار ماه بر تخت سلطنت نشست و پس از آن شربت اجل نوشيد . خبر فوت او منتشر شد . چون مير عمر خان در كرمينه نزديك بخارا بود خود را به بخارا رساند و برادر را به خاك سپرد و بر سرير سلطنت قرار گرفت . سيد مير نصر الله محمد بهادر سلطان كه خبر فوت برادر را شنيد به طرف بخارا به راه افتاد . ولى شنيد مير عمر خان بر تخت سلطنت بخارا قرار گرفت . فورا بازگشت و به محل حكومت خود رفت . مير عمر خان به جاى اينكه به امور رعايا بپردازد ، به شرابخوارى و عيش و عشرت پرداخت . اعمال نارواى او به گوش برادر رسيد . سيد امير نصر الله محمد بهادر سلطان قشون قرشى و خزار و بايسون و شيرآباد و چراغچى را با توابع و لواحق جمع كرد و به قصد تسخير سمرقند و بخارا به راه افتاد . ولايت سمرقند در اين تاريخ در دست محمد جعفربى - حاكم بالاستقلال - آنجا بود . با شنيدن اين خبر تا قصبهء جام او را استقبال كرد و با قشون امير نصر الله محمد به راه افتاد . امير نصر الله محمد پس از زيارت خواجهء احرار به شهر سمرقند وارد شد . او را بر بالاى سنگى كه امير تيمور مىنشست ، نشاندند و زر و جواهر بيشمار بر فرق او نثار كردند . يك هفته در سمرقند ماند و از آنجا به طرف بخاراى شريف طى مراحل كرد .